Vologda este situat pe malul drept al râului cu același nume, care este o cale navigabilă veche care lega acest oraș prin bazinele râurilor Sukhona și Sheksna cu Arhanghelsk.
Pentru prima dată în sursele istorice, orașul a fost menționat în secolul al XII-lea. În secolul al XV-lea, Vologda a fost condusă de Veliky Novgorod. Din 1462 timp de douăzeci de ani, Vologda a fost centrul principatului apanaj, dar din 1481 a căzut sub stăpânirea principatului Moscovei, al cărui conducător era atunci Ivan al III-lea.
În 1565 Ivan cel Groaznic a decis să-și înființeze a doua reședință oprichnina în Vologda. A vrut să construiască aici un Kremlin de piatră și o cetate. Mii de meșteșugari și țărani au fost duse la Vologda, iar construcția a fost condusă de inginerul englez H. Locke. În plan, Kremlinul era un dreptunghi. Pe latura de nord, era protejat de râul Vologda, iar de ambele părți a fost săpat un șanț cu apă. Dar raidul Khanului din Crimeea din 1571 și ciuma care a început la Vologda l-au forțat pe Ivan al IV-lea să se întoarcă la Moscova. Odată cu plecarea regelui, construcția a încetat.
Din cauza absenței unor fortificații serioase, Vologda a suferit foarte mult din cauza invaziei armatei polono-lituaniene în 1612. Dar orașul a fost rapid reconstruit și chiar și-a depășit dimensiunile anterioare. Până la sfârșitul secolului al XVII-lea, centrul istoric al orașului Vologda era format din patru părți: oraș, Verkhniy Posad, Nizhniy Posad și Zarechye. Cu toate acestea, la începutul secolului al XVIII-lea, poziția economică a Vologda s-a slăbit oarecum datorită întemeierii Sankt Petersburgului și dezvoltării comerțului în Marea Baltică.
În 1708, Vologda a fost încorporată în regiunea Arhanghelsk. Dar deja în 1719 orașul a devenit centrul provinciei Vologda, iar în 1796 - centrul provinciei Vologda, care a existat până în 1929.
În secolul al XIX-lea, orașul a devenit un loc de exil politic pentru mulți membri ai inteligenței. În 1918, Vologda a jucat rolul de „capitală diplomatică” a Rusiei timp de 5 luni. După încheierea Tratatului de pace de la Brest, ambasadele și misiunile a 11 state majore s-au mutat temporar aici, în special: SUA, Marea Britanie, Franța, Japonia, China, Brazilia etc.
Acum Vologda este un popular centru turistic vizitat atât de ruși, cât și de turiști străini.